岁末将至，这一年诺禾致源紧密追踪科学研究方向和实验技术手段的革新和方向，在全球范围内与众多学术机构建立了广泛的合作关系，完成多项具有国际先进水平的基因及组学研究工作。截止年12月，诺禾致源助力合作伙伴发表SCI文章篇，影响因子+，其中IF10文章55篇，这些文章的发表也为生命科学和精准医学发展带来了重要的推进作用。值此岁末之际小诺选出年诺禾致源TOP10高分文章，希望能给大家年科研提供一些思路和灵感。
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Non-syntrophicmethanogenichydrocarbondegradationbyanarchaealspecies
该研究发现一种来自油藏的新型的产甲烷古菌，可在厌氧环境下直接氧化原油中的长链烷基烃产生甲烷，突破了产甲烷古菌只能利用简单化合物生长的传统认知，拓展了对产甲烷古菌碳代谢功能的认知。这一研究完善了碳素循环的生物地球化学过程，并为枯竭油藏残余原油的生物气化开采——“地下沼气工程”奠定了科学基础。16SrRNA微生物多样性、宏基因组和宏转录组测序工作均在诺禾致源完成。TOP2
High-qualitygenomeassemblyandresequencingofmoderncottoncultivarsprovideresourcesforcropimprovement作为全球广泛种植的纤维作物，棉花一直是纺织工业中天然纤维的主要来源。为了提高陆地棉的纤维品质和抗病性，提供更多基因组组装和品种资源重测序。该研究完成了现代陆地棉品种NDM8和海岛棉品系Pima90两个高质量基因组，鉴定出大量的种间和种内基因组变异，揭示了与棉花品质、产量、抗病等性状相关的结构变异和功能基因，为棉花分子改良提供了重要理论依据和基因组资源，并为棉种形成和品种改良提供了新见解。揭示了结构变异对理解基因型-表型关系的重要作用，以及在作物改良中的潜在利用价值。诺禾致源研发合作中心首席科学家田仕林为该文共同通讯作者，信息技术副总监姜亚菲为共同第一作者TOP3
Genomicinsightsintotheorigin,domesticationanddiversificationofBrassicajuncea该文解析了我国特有的芥菜型油菜地方品种“四川黄籽”的基因组，阐明了芥菜在-年前起源于西亚，自西向东沿三条独立路径传播，通过基因突变和渐渗杂交演化出6个遗传类群，并揭示了芥菜传播过程中在开花期上对环境的适应以及人工选择籽用、茎用和根用芥菜形态变异的基因组区域和候选基因。该研究首次为芥菜的起源和驯化提供了全面的了解，并为今后开展基因组选择育种奠定了基础。诺禾致源研发合作中心生信工程师作为共同第一作者参与项目研究与文章发表。TOP4
MultiomicsanalysesrevealacriticalroleofseleniumincontrollingTcelldifferentiationinCrohn’sdisease炎症性肠病(IBD)主要包括克罗恩病(CD)和溃疡性结肠炎(UC)，这两种疾病以慢性复发的肠道炎症为特征，显著影响患者的生活质量，目前无法治愈，故又被称为“绿色癌症”。作者以CD和UC患者作为研究对象，利用单细胞转录组测序和非靶向代谢组学技术，揭示了肠道免疫细胞组成及代谢改变，并阐明了硒调控Th1细胞分化的分子机制，为CD的发病机制提供了新的理论依据。此外该研究还发现补充硒制剂有望通过抑制Th1细胞的分化缓解CD患者肠道炎症。这项工作对于全面理解CD及UC的发病机制、开发靶向疾病治疗策略有着重要的科学意义及临床价值。其中代谢组学，单细胞转录组测序均由诺禾致源完成。TOP5
3untranslatedregionofCkip-1inhibitscardiachypertrophyindependentlyofitscognateprotein病理性心肌肥大最终可导致心脏衰竭（HF），为了改善临床结果和避免心衰的发生，需要针对心肌肥大进行精确调节。作者通过公共数据库中人类心衰样本的转录组测序数据进行了分析，发现Ckip-1mRNA的3UTR和CDS存在表达不一致情况；通过构建Ckip-1mRNA的3UTR过表达转基因小鼠模型，发现Ckip-13UTR的过表达降低了TAC后心肌肥厚的严重程度，并且能在不依赖CKIP-1蛋白的情况下实现。Ckip-13UTR的过表达抑制了脂肪的积累，并通过TCA循环促进了ATP的生成,并且后续实验发现Ckip-13UTR可以竞争结合Let-7f起到隔离和抑制Let-7f的作用，导致CaMKK2表达和AMPK活性增加。Ckip-13UTR代表了一种有吸引力的RNA治疗工具，是治疗心肌肥大和心力衰竭的一种潜在的疗法。其中的代谢组学，转录组学检测由诺禾致源提供。TOP6
CircLIFRsynergizeswithMSH2toattenuatechemoresistanceviaMutSα/ATM-p73axisinbladdercancer膀胱癌是世界上最常见的癌症之一。临床上，顺铂(CDDP)已成为肌肉浸润性膀胱癌(MIBC)的标准治疗方法，而化疗耐药仍是一个主要挑战。越来越多的证据表明，环状RNA是具有多种功能的实体。然而，环状RNA在调节膀胱癌CDDP化疗中的功能和复杂性仍未被很好地揭示。本研究表明CircLIFR/MSH2可通MutSα/ATM-p73轴，调节膀胱癌的CDDP敏感性。CircLIFR和MSH2为膀胱癌的治疗提供了新的治疗靶点。其中蛋白质组学部分由诺禾致源提供。TOP7
Single-cellRNA-sequencingatlasrevealsanMDK-dependentimmunosuppressiveenvironmentinErbBpathway-mutatedgallbladdercancer胆囊癌（GBC）是胆道最常见的癌症，且具有复杂的细胞异质性及细胞间相互作用，这种异质性使得肿瘤治疗效果被明显削弱。在本研究中，作者利用scRNA-seq分析13例GBC患者癌和癌旁组织，揭示细胞异质性和细胞间相互关系。单细胞转录组测序鉴定到16个细胞群，发现M2巨噬细胞，调节性T细胞和上皮细胞在肿瘤组织中占比较高，结合WES和bulkRNA-seq数据分析，发现上皮细胞亚型1、2和3主要见于胆囊腺癌，亚型4见于胆囊腺鳞癌。WES分析检测ErbB通路突变的GBC，ErbB通路突变的肿瘤1型/2型上皮细胞占比增加，且MDK表达水平显著升高，MDK与肿瘤浸润巨噬细胞分泌的LRP1相互作用促进免疫抑制巨噬细胞分化。此外，作者还发现巨噬细胞分泌的CXCL10与调节性T细胞上的CXCR3相互作用，促进GBC细胞免疫逃逸，MDK升高与GBC患者总体生存率低相关。这些研究为胆囊癌的治疗提供了潜在的靶点。本文中单细胞转录组建库、测序由诺禾致源提供。TOP8
DopaminereceptorD2antagonizationnormalizesprofibroticmacrophage-endothelialcrosstalkinnon-alcoholicsteatohepatitisYAP可促进肝细胞再生，也会导致肝脏纤维化和肿瘤发生。本文作者在肝硬化组织中发现巨噬细胞的YAP表达升高。为研究巨噬细胞YAP蛋白在肝脏修复中的作用，作者利用髓系特异性YAP敲除小鼠来验证结果，单细胞转录组测序结果表明，YAP缺失的巨噬细胞和内皮细胞的串扰影响肝纤维化的发生；随后作者利用GPCR配体库筛选了一种多巴胺受体D2拮抗剂，它可以选择性地靶向依赖YAP的巨噬细胞和内皮细胞之间的纤维化串扰，促进肝脏再生，这为非酒精性脂肪性肝炎纤维化肝再生提供了潜在治疗靶点。本文中单细胞转录组建库、测序由诺禾致源提供。TOP9
DecodingHumanMegakaryocyteDevelopment早期人类巨核细胞的形成一直缺乏全面的描述，在本研究中作者利用单细胞转录组学对人胚胎发育早期的卵黄囊、胎肝的巨核细胞群体进行了分析，对比发现不同位点的巨核细胞在代谢特征及细胞周期上存在显著差异，首次在单细胞尺度解析了人胚早期巨核细胞的异质性及发育规律，揭示了巨核细胞在不同胚胎造血位点的特征差异，并将THBS1作为发育早期巨核细胞的标志分子。本文中单细胞转录组建库、测序由诺禾致源提供。TOP10
Acalmodulin-bindingtranscriptionfactorlinkscalciumsignalingtoantiviralRNAidefenseinplants植物病毒可对作物的产量和品质造成巨大危害。同时植物也进化出多种防御机制对抗病毒的侵染。RNAi（RNAinterference）是一种重要的抗病毒机制，在真核生物的先天免疫和基因调控中发挥重要作用。该研究首次将钙信号与RNAi联系起来，揭示了一条全新的植物通过感知病毒入侵伴随创伤导致的钙流增强植物抗病毒RNAi的通路(Wounding→Ca2+→CaMs→CAMTA3→BN2/RDR6→RNAi)。此外，木尔坦棉花曲叶病毒和中国番茄黄化曲叶病毒的V2蛋白能够通过与CaMs互作干扰CaM3与CAMTA3的结合，抑制CAMTA3对RDR6、BN2等基因的转录调控，负调控植物抗病毒RNAi，从而促进病毒的侵染。这一发现为植物抗病毒与病毒反防御机制提供了新的范例。诺禾致源在本研究中承担smallRNA建库测序分析工作。诺禾致源助力多项研究项目登上Nature等国际顶级期刊，展示了诺禾领先的技术服务体系和强大的生信分析实力，是广大科研工作者“可信赖的合作伙伴”。诺禾致源将继续完善基因测序及生物信息分析技术和解决方案体系，助力更多科研工作者在科研道路上稳步向前，以领先的科研服务助推科研产业高质量发展。